也使袁世凯暂时放弃了对付陆振华的打算。
但是黎元洪就没有这么幸运了，1913年12月，袁派段祺瑞到湖北。段祺瑞在汉口下火车后渡江见黎元洪，商量整顿军队之事。公务了结，黎元洪送段祺瑞过江上火车。不料两人上车之后段祺瑞反而下车，把副总统留在车上。与此同时任命段祺瑞代湖北都督的总统令也就下来了。原来段祺瑞将黎元洪扣在火车里了，直接押送到北京去了。但两个月后袁世凯又令段芝贵接任湖北都督，段祺瑞回陆军总长任上，他这个湖北都督，纯属过渡。
从１９１４年５月起，袁世凯按照新约法，更准确地说是随心所欲地对政府机构进行了改组。５月１日，袁世凯下令撤销国务院，在总统府内设政事堂。政事堂的权限略仿照前清军机处，凡一切军国大事皆由政事堂议决施行。袁世凯实行独裁政治的一个重要手段就是制造派系，利用矛盾，使其互相牵制。政事堂除设国务卿外，还有左右丞二人，其地位略低于国务卿，也直接对袁世凯负责，用来防止出现国务卿专擅的局面。袁世凯以秘书厅原班底成立了一个内史监，专门负责办理关于大总统切身政务机密者。
１９１４年５月８日，袁世凯下令撤销总统府军事处，而成立陆海军大元帅统率办事处。为了进一步直接控制军权，不久，袁世凯就以北洋军暮气沉沉为理由，决定在统率办事处下另行编练模范师。６月３０日，袁世凯又下令各省都督改称将军，督理本省军务，其性质仅为统率办事处派出代管当地驻军的指挥官。
5月２３日正式公布。改民政长为巡按使，改各道观察使为道尹，裁撤各省内务、实业、教育各司，于巡按使署政务厅之下设置总务、实业、教育各科。规定巡按使为一省民政最高长官，一律由中央任命，不许保荐。
袁世凯的中央集权有力的打击了地方势力，改善了了中央财政，但是也出动了北洋内部的既得利益者。在袁世凯还能有权威的时候没有什么显现，一旦显现就会彻底的瓦解以袁世凯为首的北洋军事政治集团。
就在袁世凯大规模的进行中央集权的时候，袁世凯的老对手孙文也开始了他的毁党再造党的集权运动。１９１３年二次革命失败后，孙中山逃亡到日本。他从二次革命的失败中深切感到：国民党内部思想