原历史中，后龟山逃出京都，再次在吉野山区建立南朝，史称后南朝。
南朝的皇室后裔和臣子们为了恢复旧业，又不断地进行了将近半个世纪的斗争。
后来曾有一伙强徒潜入皇宫，将神剑、神玺抢走，并以此拥戴南朝的皇胤反对幕府，事败后南朝皇族后代多人被杀。
后面又是一起类似事件，牵连得南朝皇族几乎灭绝。
而南朝所代表的势力，就是对大明主要侵犯的倭寇。
像是朱棣抓捕倭国细作，就是归属于南朝这边。
南北朝割据的分裂时期，就在这一时期，倭国的各诸侯之间斗争达到了白热化的阶段，相互攻伐，在这场南北斗争的过程中，南朝的封建势力开始节节战败，不得不撤离倭国本土。
其中有一部分南朝的封建主，当然还有封建主统治下的武士和浪人等也会选择离开，以此来躲避倭国本土对他们的追杀，他们就乘船来到了大明的沿海地区，他们在沿海进行走私，更有甚者烧杀抢掠。
伴随着南朝在倭国的延续，大明沿海的倭寇，不断的为南朝势力输入财富，以此作为对北朝的抵抗。
倭国的南北朝之争，并没有随着南北朝一统而结束。
而是在历史上，缠绕了几百年。
南朝的势力，从来就没有被彻底的消灭过。
有人说，北朝控制了全国大部分地方，所以是实际上的统治者，应该是正统。
但也有人说，后醍醐让渡的神器是假的，因此正统还是在南朝一边。
哪怕是后世几百年后，也有人振振有辞地说:“当今天皇难道不是从后南朝天皇后中抢夺了三件神器的篡夺者的子孙吗?“
一时，在倭国国内引起一场轩然大波。
最后，作为北朝天皇后代的明治天皇作出裁决，认定南朝为正统，北朝各天皇不列入天皇传承系列，但天皇地位及其待遇不变。
因此，足利尊氏被视为乱臣贼子，而楠木正成成为忠于天皇的典范。
而目前的倭国，看似一统，实则在分裂的边缘。
幕府无力镇压各地的大名。
在这个特殊的年代里，守护代、国人以及与之相关的人们皆以实力而成了大名