黑齿常之又立新功，晋升为燕国公。
唐武后垂拱三年（公元687）年，后突厥继续犯边，骚扰河东和河北地区。
武则天任命黑齿常之为燕然道行军大总管，与突厥军队大战于黄花堆（今山西山阴县东北），杀得敌人溃不成军，落花流水，唐军追击四十里，突厥军只得败走碛北（蒙古大沙漠以北）。
赫赫战功，使黑齿常之名扬四海，也使黑齿常之成为酷吏注目的对象。武则天为了打击李唐宗室，大行酷吏政治，大兴告密之风，为自己立威，连带不少胡人酋长都受到牵连。
当时的西蕃酋长阿史那斛瑟罗家里有一位能歌善舞的婢女，被来俊臣看上，想据为己有，就让同党诬陷阿史那斛瑟罗谋反，当时有数十名诸蕃酋长赶到朝堂“割耳剺面（割下耳朵，划破脸颊）”，为阿史那斛瑟罗诉冤，“乃得不族”。
高句丽王子泉献诚的下场更是悲惨，“来俊臣求金于左卫大将军泉献诚，不得，诬以谋反，下狱。乙亥，缢杀之”，索贿不得就害人性命，难怪这些酷吏后来不得好死，被武则天利用完毕，统统送进了地狱。
“（周）兴与索元礼、来俊臣竞为暴刻，兴、元礼所杀各数千人，俊臣所破千馀家”，在酷吏的肆意妄为中，几千家皇亲国戚和当朝大臣惨造灭门之祸，连出生不久的婴儿也难逃一死，这是那个风雨飘摇的时代最凄惨的一幕。
黑齿常之因为周兴的陷害而下狱，罪名是武则天最痛恨的一种说法。企图匡复李唐皇室，所以黑齿常之只能下狱。面对酷吏令人发指的迫害，黑齿常之选择了死亡。以这种方式保留自己最后的一点尊严。
表面上黑齿常之是被武则天害死的，实质上是被当时的政治制度害死的。军队是皇帝的军队，军人的忠心是皇帝最揪心的问题，只要皇帝对将领的忠心产生了猜忌，将领往往死无葬身之地，循环往复，
总是走不出杀功臣的模式，或者干脆如同郭威那样起兵造反，让自己亲自坐上江山。现代民主制度确立了军人不干政的原则。军队只能忠于国家，
而不是听命于元首，军队用来保家卫国，而不是元首的私人武装，这种先进的政治制度保护的不仅仅是平民百姓，也包括军人本身。元首没有涵盖一切的生杀大权，自