甚至出现了征得的税款不能抵偿征税成本的问题，以至于一些地方干脆取消了商税的征收，由田赋中浮收来补足。广州的商税虽然没有取消，却也半死不活。取而代之的是地方商税。
倭寇平定之后，闽越两布政司另外设立了独立于原来户部商税体系之外的税课司局，在桥头和渡口设立税卡，税率由地方制定，收入用来支付军饷和地方防务，这些银子不由上交户部，所以地方衙门比较热衷于征收。不过，即使热衷征收，征收额度在艾志新看来也是微不足道，不能和广州这样的商业繁荣的大城市的地位相提并论。特别是他看到广州府下属的一个市镇，商税的收入只有区区170两，就知道里面的猫腻大得出奇。因为那个镇每年向元老院缴纳的“合理负担”就有450两银子。
不过，艾志新并不准备以此为增加税收的突破口。商税其实就是厘金，尽管征收方便，税额也不小，但是影响商品的流通。他的目光放在了门摊税、房地契税和酒醋税上。
门摊税是由地方政府向市镇上的永久性店铺征收的商业税收，因为古代社会并无完善的会计制度，官府征税也不统计店铺的铺本和盈利情况，基本上就是一种定额税。至于定得高是低，完全看运气而定。有的行业盈利极高――比如当铺，却只缴纳区区45两一年的税收，街边的小铺子，一年却也得缴几两银子的税。
广州的门摊税，是由各行的公会收取，没有组建公会的商铺，则是由官府制定牙商包揽代缴――这里面的花样有多大，不问可知。
艾志新看了下整个广州一府两县的门摊税总收入，每年可得大约一万多两――这个数字相当不错，但是距离他的心理预期还少得很。
房地契税，是按照卖价或者典价的3％征收。不过这个税种在许多地方多年不征收，琼州府所辖各州县更是连征收纪录都没有。艾志新发现，广州府不但一直在征收，而且契税收入相当高，仅南海、番禹两县，每年在契税上的收入就有2000两之多。这大约是因为大城市商业繁荣，房地产的价格更高，交易更为频繁的缘故。
至于酒醋税，这是明代延续宋代的税种，酒醋专卖在宋代是政府的一项主要收入。不过明朝对工商业的管理水平极低，并不能有效的控制酒醋的生产和流通