叛军将领在列队的叛军面前依次被斩首处决――岛上的李朝刽子手不够用，还专门从叛军中招募来了有过处决经验的牌刀手。一时间校场上血流成河，三军股栗。处决结束之后将首级装匣，再运往屺姆岛。
冯宗泽没有观看这壮观的处决场面，他还沉浸在自己充当“正义的炽天使”的角色之中。特别是这套伟光正的台词他已经练习了很久，让他充分的过了一把洒狗血的瘾。
将叛军将领全部处决的命令直接来自发动机指挥部，尽管有人认为孔有德等人曾经起兵反清，最后投降满清也有不得已之处。而且孔和耿的统御力、战术水平颇高，完全可以充当殖民武装的急先锋去东南亚――派去越南或者其他东南亚地区祸害当地土人。
但是这一提议经过执委会和元老院常委会讨论后被否决了。要收编东江旧部就不能保留这些高级将领，这是其一；其二，鹿文渊等人在发动机行动中和李、孔等人做了不少见不得人的暗中交易，这些事情只有李孔等人知晓，为了保证将来的政权合法性，不给未来的有良心的历史学家以可乘之机，这种事必须彻底的予以抹去。
用其攻略东南亚，若无对其部队足够的控制和后勤支援，不是因为水土不服全军覆没，就是被某一土人势力收买，反而成为元老院的敌人；即使他们自己打出了一片天地，也绝不会听命于元老院。
而且这支从登州城下撤出来的军队。不但大多是李、孔等人的嫡系人马，更是一群在登州之乱中杀红了眼，饮饱了鲜血的恶狼。必须给予最大的精神震撼才能让他们“知畏”。
将近二万乱军在观摩处决结束后，被分批押送去净化甄别。凡是诸将的家丁亲兵仆役都被单独分出来关押。净化结束之后全部发往三亚充当矿工。普通士兵编成“劳动大队”，头三年不算积分，第四年开始按照工作量计算积分准许自赎。随军的工匠、水手和叛军掳掠来得人口净化之后作为移民另外安置。
叛军撤出登州之后第三天，第一个得到消息的孙元化嫡系部将张焘首先率军抵达登州，随后山东行营的人马也如潮水一般涌来，登州就此宣告收复。
为了避免和急于抢功占地盘的官兵发生冲突。朱鸣夏事先已经率部撤出了登州，将空城留给了官军。