新军军官初期以穿越者为主，逐步补充军校学员，因此应尽快建立义军军校。军校初期学员以本地童生、有文化的士兵为主。早期军校可以考虑和行政官员学校、技师学校合编办学。如果没有这个条件，也可以考虑采用教导队的形式进行军官养成。
新军实行一长负责制，但在各个级别都组织士兵委员会，士兵委员会有权反对军官关于作战以外的命令，如主官坚持意见应服从，但士兵委员会有权力向上级主官乃至穿越者的军事部门提出上诉。士兵委员不得在军事部门复核以前被处决，即便在火线上。虐待士兵将受严惩。
新军实行职业兵制度。军官和士兵都享受职工待遇，拥有优惠分房和自留地，并免费使用新品种农作物（其他使用新品种农作物的农户第二年有额外税）。事实上，新军的人力来源就是新作物节约的人力。
“这个，我提下意见。”何鸣说，“明军的情况我不了解。但是军队长期不打仗，往往会有许多不良风气，79年我们打越南前部队也有很多问题。明朝军队这种典型的旧式军队里的士兵素质到底行不行，不会招来很多兵油子么？”
“你还是解放军出身呢，”张柏林插话，“你就忘记了战无不胜的政治工作？当年的解放战士不都是GMD那样的旧军队里来的，一样被改造了。”
“你会搞政工么？”何鸣对张柏林的话表示怀疑。
“放心吧，我一定搞定。”张柏林信心满满。
马千瞩说：“何鸣说得有道理。我们时间不多，没多少时间給他们转变思想。对旧军队的人员要多做一些甄别。”
“我们自己派人担任基层军官，把头开好了，三大纪律八项注意这个紧箍咒一上，风气自然就正了。”席亚洲回忆了他在盐场村训练民兵的过程，“……主官自己行得正，样样做表率，下面的小头目就不敢乱来，老话怎么说来着？一正压百邪。”
“关于兵员从军户中招募恐怕是靠不住的。”于鄂水说，“明末的军户和老百姓也差不到哪去，基本就是军官的佃户，而且老弱病残居多。”
“但是他们苦大仇深么。”马千瞩说，“就临高来说，军户比老百姓苦多了。这里的老百姓当佃户长工的都比他们日子要好过的多。”
“从黎人