深入巢穴之后，开始遇到更多更强大的虫族，包括正在孵化中的跳虫、自爆虫等。这一阶段的战斗难度逐渐提升，大部分时候必须采取正确的策略，例如要小心处理自爆虫，否则自爆虫炸裂之后大范围泼溅的酸液会对队员们造成严重伤害。
到这里，队员们开始遇到一些麻烦，需要互相帮助，但整体的心态还是比较积极的。
人工智能仍旧会指引主角做出最佳决策，听从人工智能的建议会让战斗难度明显降低。
第三部分：
虫群开始继续增加，逐渐超出了小队的极限战斗能力。在深入虫巢的过程中，发现了其他小队的残缺肢体或者战斗服碎片，战斗结束后的喘息时间会变得弥足珍贵。
有的队员开始心态失衡，在虫巢的底下游荡许久之后仍然没有找到任何女皇的踪迹，却看到了太多其他死亡的小队，在没有后勤补给的情况下开始质疑人工智能算出的战斗成功率，认为自己将葬身于此。
不过队员之间互相打气，还是坚持继续前进。
人工智能仍旧一如既往地分析数据、指挥战斗，面对队员们的质疑，坚持最初的说法。
第四部分：
小队的行动已经惊动了虫群，虽然虫族的主力部队不在虫巢，但即使是工蜂、跳虫和自爆虫，只要数量够多，也足以对小队造成巨大威胁。
无数的虫子从四面八方涌来，后路已经被完全切断，只能不断前进。为了挡住身后的虫群，一名身受重伤的队员断后，引爆胸口的微型反应堆。
终于获得了喘息之机以后，秦义发现跟自己一起来执行任务、存活下来的小队已经寥寥无几。
更可怕的是，小队偶然间在虫巢深处发现了战斗服的碎片，这是云雀II型战斗服的碎片，这说明之前人类早就已经执行过斩首行动，但并没有成功，而人工智能隐瞒了这个信息。
队员们彻底陷入绝望。
主角质问人工智能，但仍旧得不到答案。队员们发现已经没有退路，只能继续向前，决定不计一切代价完成自己的使命。
第五部分：
小队在绝望中跟随人工智能的分析迂回前进，为了掩护队友，队员们一个个地死去。
主角