除了前线部队和装备的损失之外。在这个期间季明还要担负另外的一场战争而这场战争这生在德军后方。按照苏联方面的统计截至1942年4月德占区游击队总人数已经增加到8万人主要编为5o9个游击支队隶属于93个游击兵团中。游击队的战斗编成通常为连、排、班。为了统一指挥这些游击队苏联最高统帅部大本营此前设立了游击运动总司令部以及各地区游击运动司令部。通过无线电这些司令部得以和8o%的游击队保持经常联系并不断以空投等方式向游击队提供武器和指挥以及技术人员。
这些接受统一指挥的游击队被视为苏联正规军的辅助力量其主要任务：诸如破坏德军的后方交通运输侦查德军的兵力和部署等等都是以配合正规军作战为核心的。此外苏联游击队也经常刺杀德国行政人员和职员阻止德军在占领区掠夺人员和物资甚至有时也会袭击德军小股守备队攻取一些中小城镇。游击队的活跃程度受到地域民族属性的影响：在被占领的俄罗斯和亲俄的白俄罗斯地区（主要是中央集团军群后方）游击队活动尤其频繁；其他地区尤其是西乌克兰和波罗的海沿岸地区则要逊色一些。在乌克兰地区甚至有反苏和亲苏的两种游击队存在。
其实为了对付苏联游击队鲁道夫赫斯就意识到了游击队的严重性这些属于墙头草性质的部队总是在德军最薄弱的时候来上一下子。于是他本人早在1942年2月18日就签署了国防军统帅部第46号训令要求在东方占领区加强和游击队的斗争“集中从国防军各军种、党卫军和警察中抽调的合适兵力迅严厉、主动地打击游击队”。
而为了执行这个命令。德国人投入了相当庞大的力量。其中包括正规野战军地后方警卫警察部队；正规军后备部队；各种内务警察部队和所谓的“当地部队”。以及德占苏联地区的所有其他德国人。
正规野战军后方警卫部队包括6军警卫师大大小小的警卫和军事警察宪兵分队以及匈牙利军队的几个师。他们主要负责警戒6军后方的交通线、基地仓库、指挥所等等。另外德军在后方的后勤和辅助人员有时甚至还包括空军机场人员也经常被用于反游击战。德国6军总参谋长负责统一指挥正规军战区的反游击行动。截至1942年4月6军作战地区已经为反游击战投入了8万人